養護教諭は、教諭と異なり、通常は授業を行わない。しかし、学級担任や保健体育科の教科担任などとの相談や協力のもと、健康教育や性教育などの保健指導を行うことがある。養護教諭は保健について専門的な立場にあり、日ごろ幼児・児童・生徒を保健の面から把握していることから、養護教諭が授業を行うことには大きな意義があるといわれる。積極的に授業を行う養護教諭もいるが、一方で授業を行っている時間中保健室を空けることに不安を覚える養護教諭も少なくない。
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また、教育職員免許法（昭和24年法律第147号）の附則第15項により、3年以上養護教諭として勤務したことがある者は、当分の間、その勤務する学校（幼稚園を除く）において、保健の教科の領域に係る事項（小学校または特別支援学校の小学部にあつては、体育の教科の領域の一部に係る事項で文部科学省令で定めるもの）の教授を担任する教諭または講師となることができる。 しかし、養護教諭が行った授業に対しての評価や評定をつけることについての議論が行われている。養護教諭は「評価評定を行わない唯一の教員」であり、他の授業等での評価に関わるストレスを受け止める場としても機能している「保健室の先生」が評価を行うことに抵抗を覚えるとする意見がある一方、授業を行うならばそれに伴う評価も当然行われなければならないとする意見もある。